Use LEFT and RIGHT arrow keys to navigate between flashcards;
Use UP and DOWN arrow keys to flip the card;
H to show hint;
A reads text to speech;
78 Cards in this Set
- Front
- Back
|
Wat voor TGF-beta receptoren zijn er? |
TGF-beta I TGF-beta II |
|
|
Teken een TGF-beta receptor |
samenvatting pagina 14 |
|
|
Hoe werken TGF-beta receptoren? |
- Een functionele receptor complex bestaat (bv) uit twee type I en twee type II receptor moleculen. - werken via Ser/Thr kinases - TGF-beta bindt aan type II receptor, deze recruteert en activeert type I receptor - STK domein van type I wordt geactiveerd (door fosforylatie) door GS-box van type I - GS-box van type I wordt geactiveerd door type II STK domein - STK domein van type II is constitutief actief - STK domein zorgt uiteindelijk voor signalen in de cel |
|
|
hoe kunnen we aan de hand van mutaties de werking van Tyr kinase receptoren begrijpen? (zie ook tekeningen samenvatting pagina 14/15) |
EGF receptoren 1. mutatie in TK domein (k751A): geen signalen, geen groei --> comclusie: TK is essentieel 2. mutatie die leidt tot het ontbreken van de staartjes aan de TK domein: geen signalen/groei --> conclusie: autofosforylatie-sites zijn essentieel 3. twee verschillende mutanten in een dimeer kunnen tot een wel werkende dimeer leiden b.v. een van de twee receptoren heeft een uitgeschakeld TK domein, transfosforylatie nog mogeljik --> comclusie: dimerisatie is essentieel 4. wt:TK mutant in 1:9 verhouding tot expressie brengen: geen signalen, mutante receptor is een dominant negatieve receptor, hij inactiveert de wt receptor door dimerisatie --> comclusie: er vindt alleen transfosforylatie plaats, geen autofosforylatie |
|
|
leg uit: dominant negatief |
een mutante vorm die de wt vorm remt in zijn activiteit |
|
|
leg uit: autofosforylatie-site |
deze term is oud maar wordt nog steeds gebruikt. in waarheid vindt alleen transfosforylatie plaats ,geen autofosforylatie |
|
|
wat is de EGFR-k751ADC mutant? |
deze mutant komt overeen met een YP-mutant: vervanging van Y door F (fenylalanine, zelfde structuur als Y maar geen -OH groep) (syllabus pagina 10) |
|
|
hoe werkt de activatie en signalering aan een EGFR? (stappen in detail) |
1. binding EGF aan EGFR 2. conformatieverandering EGFR 3 .TK wordt actief 4. fosforylatie van de Y aan de staartjes: elke receptor fosforyleert de Ys aan de andere receptor binnen een dimeer (transfosforylatie) 5. Y-P bindt aan de SH-domein van een substraat-eiwit in het cytoplasma 6. TK domein fosforyleert het substraatop tyrosine (Y) 7. het nu geactiveerde substraat geeft signalen in de cel |
|
|
wat betekent pleitope respons bv in samenhang met EGF? |
- als EGF aan EGFR bindt gebeuren veel dingen tegelijkertijd - elk pad is nodig - zodra een pad onderbroken is --> geen respons - ongeveer 20 paden lopen parallel in de EGF respons, wij bekijken 3 - er kunnen niet alle 20 tegelijkertijd binden aan 1 EGFR maar alle 20 binden aan alle EGFRs in een cel |
|
|
3 belangrijke paden EGF respons |
eiwitten met SH2-domein binden aan de Y-P aan het staartje van de EGFRs 1. PLCgamma = fosfolipase C-gamma 2. PI3k = phosphatidyl-inositol-3-kinase 3. SHC = een adapter-eiwit
1. en 2. zijn lipide-modificerende enzymen |
|
|
welke rol speelt PIP2 in de EGF signaal-transductie? |
- is substraat voor zowel PI3K als PLCY (2 van de 3 substraten van EGFR met SH2 domein) - PI3K maakt PIP3 uit PIP2 (deze proces wordt geremd door PTEN) - PLCgamma maakt IP3 en DAG uit PIP2 - PIP2 en PIP3 zijn aan de plasmembraan actief, DAG ook, IP3 is in het cytoplsma actief
|
|
|
Wat gebeurt met IP3 en DAG, de producten uit de modificatie van PIP2 door PLCgamma? |
- IP3 gaat naar het ER en verhoogt de intracellulaire Ca2+ concentratie - DAG activeert PKC, PKC activeert RAF (--> MEK --> ERk --> Cyclin D1 --> MYC) |
|
|
Wat gebeurt met PIP3, het product van de modificatie van PIP2 door PTEN? |
PIP3 activeert PKB, PKB leidt tot apoptosis |
|
|
hoe maakt PI3K uit PIP2 PIP3? |
geeft een extra P op C3 in de inositol-ring |
|
|
wat hebben fosfolipiden voor een structuur? |
glycerol daaraan 2 vetzuren en een fosfaatgroep + daaraan een alcohol
(pagina 17 samenvatting) |
|
|
waat kun je zeggen over de lading van fosfolipiden en hoe deze over de plasmamembraan zijn verdeeld? |
- sommige fosfolipiden hebben een negatieve lading - deze liggen meestal aan de binnenkant van de celmembraan |
|
|
a) wat is het meest-voorkomende fosfolipid in biomembranen? b) wat is zijn structuur? c) wat is zijn nettolading? |
a) phosphatidyl-choline (PC) b) algemene structuur en als alcohol: choline c) nul |
|
|
wat is het belangrijkste fosfolipid in de TK signaaltransductie? |
- fosfolipiden met inositol als polaire kop (inositol-houdende fosfolipiden) - inositol is een C6-ring - voorbeelden: 1. phosphatidyl-inositol (nettolading -1, zit aan de binnenkant van de membraan, 1-5% van totale fosfolipiden membraan) 2. phosphatidyl-inositol-difosfaat (PIP2), P op C4 en C5 (nettolading -3, 5% van totale fosfolipiden membraan) |
|
|
wat weet je over fosfolipases? |
- kunnen fosfolipiden afbreken - wie breekt PC tot wat af? pagina 17! |
|
|
Teken de Ca2+ concentratiecurve in de cel bij toegifte van een groeifactor |
samenvatting pagina 19 |
|
|
Hoe werkt de SHC pathway? |
- SHC bindt met zijn SH2 domein aan de Y-P van de EGF receptor - SHC recruteert dan GRB2, dat in het cytoplasma zwemt gebonden aan SOS - daardoor komt SOS naar RAS aan de celmembraan terecht - SOS is de GEF (Guanine nucleotide exchange factor) voor RAS vervolgens: RAS --> RAF --> MEK --> ERK --> Cyclin D1 in de celkern --> MYC (gen) |
|
|
Wat doet ERK nog naast de activatie van Cyclin D1? |
ERK fosforyleert ook SRFC, de promoter die daardoor geactiveerd wordt tot transcriptie van FOS, JUN en MYC |
|
|
Wat weet je over G-eiwitten? |
- actief in de GTP gebonden vorm, inactief in de GDP gebonden vorm - er zijn 1. kleine G-eiwitten (bv RAS) 2. hetero-trimere G-eiwitten (rol bij GPCR = G-protein coupled receptor) - de actieve vorm leidt tot signalen, de inactieve vorm niet - overgang inactief --> actief door GEFs (= GTP exchange factor) - overgang actief --> inactief door GAPs (GTPase activating protein) : zijn stimuleren de intrinsieke GTPase activiteit van het G-protein |
|
|
a) door welke eiwitten kan RAF geactiveerd worden? b) wat is het verschil in de activatie? |
a) 1. PFC 2. RAS-GTP b) de activatie door RAS is belangrijker/sterker, de combinatie is het sterkst. |
|
|
Wat betekend intrinsieke GTPase-activiteit in betrekking tot RAS? |
RAS is zelf in staat om GTPase activiteit uit te voeren, de maat van activiteit is echter afhankelijk van de GAP eiwitten |
|
|
a) Wat betekent MAPK? b) en MAPKK c) en MAPKKK |
a) mitogen activated kinase (hier STK) b) een STK die MAPK activeert c) een STK die MAPKK activeert |
|
|
Hoe in het algemeen komen signalen van de gf-receptoren naar de kern waar veranderde genexpressie moet plaatsvinden? |
1. cytoplasmatische STKs worden geactiveerd 2. ionconcentraties veranderd [Ca2+] omhoog 3. uiteindelijk ERK --> celkern |
|
|
Teken het schema van de drie EGF pathways! |
syllabus pagina 11 |
|
|
Wat ken je voor transcriptionele regulatie genexpressie mechanismen? |
(NTF = nucleaire transcriptiefactor) 1. NTF bindt aan binding element en activeert transcriptie: aanwezigheid NTF is voldoende voor activatie 2. NTF bindt aan responsive element: de aanwezigheid NTF is niet voldoende voor transcripite initiatie, er is nog modificatie aan de NTF nodig, de modificatie activeert pas tot transcriptie, modificaties: a) fosforylering b) binding nuclear hormone c) nuclear co-factor c) |
|
|
Teken de twee mechanismen van transcriptionele regulatie van genexpressie! |
samenvatting pagina 20 |
|
|
Noem een voorbeeld voor de activatie van transcriptie door modificatie van de NTF |
- de nucleaire transcriptiefactor SRF = serum response factor - SRF bindt aan het SRE = serum responsive element - ERK fosforyleert --> FOS, JUN expressie - teken dat pagina 20 |
|
|
wat is de functie van FOS en JUN? |
- FOS en JUN zijn zelf ook NTFs - zij vormen samen AP-1 (= FOS/JUN heterodimeer) - zij activeren de transcriptie van een gen dat de G0 --> G1 overgang asctiveert - AP-1 bindt aan het TRE = TPA responsive element |
|
|
welke transcriptie factor wordt ook door ERK geactiveerd naast SRFC? |
E2F E2F --> transcriptie S-fase genen --> MYC transcriptie |
|
|
Wat weet jij over early responses? (snelle responsen) |
- zij gebeuren binnen het eerste uur na gf - erbij horen ook FOS, JUN, MYC activatie - vroege responsen zijn essentieel voor groeistimulatie - gf moet aanwezig zijn tenminste 8 uur tot begin S-fase (G1/S-overgang) - 8 uur na gf: DNA-synthese - er zijn ook studies die 2x een gf pulse geven (in het begin en na 8 uur), dat werkt ook voor groeistimulatie - teken grafiek pagina 21 |
|
|
wat weet je over tumor initiatie en promotie |
- initiatie: specifieke DNA mutaties nodig (initiator) - promotie: uitgroei gemuteerde cel door tumor promoters - voorbeeld tumor promoter: TPA (tumor promoting activity) - de volgorde is belangrijk: eerst initiator, dan promoter(s): I - P - P (I-I-I, P-P-P of P-I-I zou niet werken) |
|
|
Wat is TPA? |
- een tumor promoter - kan gezien worden als een niet metaboliseerbare vorm van DAG --> langdurige activatie PKC - activeert TRE (TPA responsive element) |
|
|
Verschil in de activering van 2nd messengers tussen verschillende groeifactoren. Maak een overzicht van PI3K, PLCgamma en RAS gestimuleerd door PDGF, EGF, insuline, bradykinine en LPA (tabel). Laat ook zien hoe het 3HTdR inbouw eruit ziet onder invloed van de verschillende goeifactoren (grafiek TdR inbouw - gf conc. en histogramm). |
samenvatting pagina 22,23 |
|
|
wat betekent synergie in betrekking tot de werking van groeifactoren? |
de werking van twee activerende groeifactoren bij elkaar is sterker dan de werking van de enkele gf opgeteld |
|
|
Wat weet je algemeen over GPCR = G-protein coupled receptors? |
- ook serpentine receptor of metabotrope receptor genoemd, gaan 7x door de membraan - als een ligand bindt aan een GPCR dan ondergaat de receptor een conformatieverandering waardoor de GPCR kan werken als GEF - de G-proteins die gebonden zijn aan deze receptors heten heterotrimere G-eiwitten en bestaan uit een alpha-, een beta- en een gamma-keten - de alpha keten heeft ene intrinsieke GTPase activiteit (zoals RAS) |
|
|
Teken de cyclus van een heterotrimere G-eiwit! |
samenvatting pagina 22 |
|
|
Wat is de functie van zo een heterotrimere G-eiwit? |
- er zijn drie verschillende klassen van deze G-proteins: Gs, Gi en Gq (stimulatie, inhibitie, geen betekenis resp.) - en er zijn twee verschillende signal transduction pathways 1. cAMP pathway 2. phosphatidylinositol pathway - Gi bestaat uit αi en beta en gamma - Gs bestaat uit αs en beta en gamma - Gq bestaat uit αq en beta en gamma - Gs stimuleert de productie van cAMP muit ATP (ligand bv adrenalin) - Gi remt de productie van cAMP uit ATP (ligand bv glucagon) - Gq activeert PLCbeta, dat dezelfde werking als PLCgamma heeft (prodcutie van IP3 en DAG uit PIP2) (ligand bv bradykinine) |
|
|
wat weet je over lyso-phosphatidic acid? |
- eenvoudige structuur: glycerol, 1 vetzuur, P-groep - in de signaaltransductie kan e PI3k, PLC en RAS activeren, RAS zelfs sterk (+++) |
|
|
Wat weet je over de signaaltransductie van TGFbeta receptoren? |
- de type I reecptor van de TGFbeta receptor complex fosforyleert SMAD - vervolgens kan SMAD-P aan SMAD4 binden - deze twee gaan dan naar de nucleus waar ze als NTF het SBE (SMAD binding element) binden en de transcriptie van genen activeren --> groeiremmende genen (dki) --> matrixeiwitten (fibronectine, collagen) |
|
|
wat is een oncogen |
- een gen dat door activerende mutatie bijdraagt aan tumorigenese - de mutatie leidt ertoe dat een eiwit een bepaalde eigenschap krijgt dat het van tevoren niet had |
|
|
Wat weet je algemeen over RNA tumor virussen? |
- gevonden door Rous 1911 in kippen - ook acuut-transformerende retrovirus genoemd - genetische informatie op RNA - snelle werking - gevonden bij kip, aap, muis, kat, niet bij: mens |
|
|
Hoe is het RNA van een RNA tumor virus opgebouwd? |
- 2 long-terminal-repeats (LTR) een in het begin, eentje aan het eind - daartussen 4 genen: gag: structureel RNA bindend eiwit pol: reverse transcriptase (RNA --> DNA) env: envelopeiwit (gastheer-specifiek) onc: v-onc = het virale oncogen, dat de gastheercel transformeert naar een tumorcel |
|
|
a) wat zijn virale oncognen? b) hoe is de naamgeving? c) noem enkele voorbeelden |
a) oncogenen die aanwezig zijn in RNA tumor virussen b) drie kleine letters die organisme en weefsel aangeven c) ras = rat sarcoma raf = rat fibroblastoma sis = simian sarcome (aap) fos = feline osteosarcoma |
|
|
Wat hebben virale oncogenen te maken met de mens? Er zijn toch geen RNA tumor virussen bekend die de mens bevallen? |
virale oncogenen zijn terug te vinden in menselijk DNA in de vorm van cellulaire proto-onco genen = c-proto-onc. |
|
|
wat bepaalt de gastheerspecificiteit? |
het envelopeiwit |
|
|
Noem voorbeelden van tumor naamgeving |
1. carcinoma - ectodermal weefsel (long, borst) - endodermaal weefsel (pancreas) 2. sarcoma - mesodermaal weefsel (osteosarc.) - GIST gastro-intestinal stromal tumor door mutaties in PDGFRA --> behandeling Gleevac = imatinib 3. zenuwstelsel - neuroblastoma - glioblastoma 4. hematopoietische cellen - leukemie --> bleod - lymphoma (lymfeklier) - myeloma (lymfeklier) |
|
|
Wat weet je over cellulaire proto-oncogenen? |
- betrokken bij normale regulatie groei en differentiatie - ongeveer 20 opgepikt tijdens de evolutie door RNA tumor virussen --> truncatie en/of mutatie --> transformerend v-onc - meer dan 20 in de mens: activerende mutatie maakt een geactiveerd c-onc dat leidt tot tumoren - DNA transfectie assays worden gebruikt om geactiveerde c-oncogenen te detecteren |
|
|
a) waarvoor worden DNA transfectie assays gebruikt? b) hoe werkt dat? |
a) voor het opsporen van geactiveerde c-onogenen b) een stukje DNA van de tumorcel wordt geknipt en in gezonde cel gezet --> transformatie tot tumorcel |
|
|
welke soorten oncogenen zijn er? |
1. c-onc met v-onc homoloog (bv RAS, FOS, JUN) 2. c-onc zonder v-onc homoloog (bv kFGF, ERBB2) 3. v-onc zonder c-onc homoloog (DNA tumor virus) |
|
|
Noem 2 DNA tumor virus v-onc voorbeelden |
1 Adenovirus 2 papillomavirus |
|
|
wat zijn er voor activiteiten van oncogenproducten? |
1 groeifactoren 2 receptoren 3 2nd mess. 4 NTF |
|
|
noem 2 voorbeelden voor activiteit oncogenproducten: groeifactoren |
1 sis codeert voor PDGF-B keten gen PDGFB = c-sis LTR (long-terminal repeat) --> hoge expressie v-sis in gastheercel v-onc en c-onc 2 kFGF gen c-onc/v-onc activerende mutaties in promoter regio |
|
|
Noem een voorbeeld van activiteit oncogenen: receptoren |
gen voor EGF-receptor is een c-proto-oncogen v-onc (erbB) --> truncatie - wt EGFR is ligand-geactiveerd - v-erbB is constitutief actief --> geeft altijd signalen door, kan dimeriseren wt: extracellulaire deel als er geen gf aan bindt voorkomt dimerisatie truncatie: spontane dimerisatie voorbeeld mutEGFR (activerende mutatie): longkanker Hoe ziet een getrunceerde receptor in dit geval uit? teken! pagina 27 |
|
|
noem 3 voorbeelden voor de werking van oncogenen bij intracellulaire 2nd messengers |
1 Src: cytoplasmatische TK 2 RAS, veel gemuteerd in humane tumoren 3 RAF (MAPKKK) |
|
|
wat gebeurt na een activerende mutatie in het c-proto-oncogen Src? |
- functie Src: cytokine receptor, als ligand bindt, verandert de receptor van conformatie en cyt.kinase kan binden, vervolgens werken rec. + kin. als bekende receptor en geven signalen - een gezond Src gen is opgebouwd uit N-stukje-SH3-stukje-SH2-stukje-SH1-stukje-C - het laatste stukje op het gen bevat een Y, dat gefosforyleerd kan worden doro TK - dat leidt tot een gesloten (inactieve) structuur van dat gen - het v-Src is getrunceerd en daarom altijd actief - het geactiveerde c-Src gen is ook altijd actief door een mutatie bv Y gemuteerd naar A - teken dat pagina 28 |
|
|
wat gebeurt bij een activerende mutatie van het c-proto-oncogen RAS? |
- de instrinsieke GTPase activiteit is verstoord: geen GTPase activiteit door mutaties in tumoren |
|
|
wat gebeurt bij een activerende mutatie van het c-proto-oncogen RAF (MAPKKK) ? |
mutatie V600E - de negatieve lading die bij een fosforylatie ontstaat is essentieel voor de opvolgende activiteit - een mutatie van een aminozuur tot een aminozuur met negatieve lading lijkt op een fosforylatie, dat leidt ook tot activatie verandering - geneesmiddel: Vemuravenib, remt RAF mutant specifiek bv bij melanoom --> patient-specifiek: kijken of patient mutatie heeft en vervolgens gericht behandeling bepalen |
|
|
teken een algemene fosforylatie |
pagina 29 samenvatting |
|
|
noem een voorbeeld van invloed oncogenen: nucleaire transcriptiefactoren |
FOS en JUN: truncatie of mutatie van regulerende sequenties --> constitutief actief |
|
|
wat is een tumorsupressor gen? |
- coderen voor proteinen die celcyclus reguleren of apoptose induceren - inactiverende mutaties leiden tot tumoren |
|
|
noem 3 voorbeelden van tumorsupressorgenen |
1 retinoblastoma (Rb) eiwit 2 p53 3 PTEN |
|
|
twee vormen retinoblastoma |
(inactiverende mutaties) - familiaire vorm: 1 Rb gen functioneel --> 1 mutatie voldoende --> tumor - sporadische vorm: 2 Rb genen functioneel --> mutatie op beide allelen nodig --> tumor (1 allel codeert voor voldoende Rb) |
|
|
wat houdt het Knudson two-hit-model voot tumor-supressor genen in? |
- fenotype als beide allelen van een gen door mutatie zijn geinactiveerd |
|
|
hoe ziet de familiaire Rb afwijking uit? Teken! |
pagina 29 samenvatting |
|
|
functie Rb eiwit |
1. transcriptionele co-repressor 2. centrale regulator celcyclus |
|
|
a) wat zijn recessieve mutaties? b) wat dominante? noem telkens een voorbeeld c) zijn de kansen van een tumor door a) of b) vergelijkbaar? d) hoe kun je dat schematisch weergeven? |
a) recessive: beide allelen moeten gemuteerd zijn voor tumorigenese, inactiverende mutaties, allerlei mutaties leveren een incatief product, mutatie hoeft niet zo specifiek te zijn bv Rb b) dominant: 1 gemuteerd allel is al voldoende voor tumorigenese, activerende mutatie, alleen mutatie op heel specifieke plekken leveren activerend product bv RAS c) ja d) pagina 30 samenvatting tekenen |
|
|
a) wat is de fysiologische functie van p53? b) in welke vorm is het te vinden? |
a) NTF nucleaire transcriptiefactor - reguleert groei-remmende genen (Cdki) b) dimeer/tetrameer |
|
|
wat is de rol van p53 in tumorigenese? |
- p53 was aanvankeljk als oncogen geidentificeerd - maar tumorcellen bevatten mutant p53 - wtp53: korte halfwaardetijd,remt celgroei - mutp53: stabiel eiwit, remt wtp53 --> mutp53 is dominant negatief over wtp53: mutatie 1 allel --> veel mutp53, weinig wtp53 |
|
|
geef de genregulatie van wtp53 en mutp53 schematisch weer! |
pagina 31 samenvatting |
|
|
Noem algmeen 5 verschillende effecten van mutaties (naam, voorbeeld, betekenis) |
1. dominant: bv RAS, activerend, fenotype bij mutatie in 1 allel 2. recessief: bv Rb, inactiverend, fenotype bij mutatie in 2 allelen 3. dominant negatief: bv p53, inactiverend, fenotype bij mutatie 1 allel (door vorming inactiverende dimeren) 4. haploinsufficiency: bv VEGF, inactiverend, fenotype bij mutatie 1 allel (door onvoldoende wt product) 5 redundancy: effect inactieverende mutaties kan gecompenseerd worden door andere genen met vergelijkbare functie
|
|
|
Waarom verschillen mensen van elkaar? |
- genen zijn tot 99.99% identiek - wij verschillen in expressie: hoeveelheden eiwit/RNA (epigenetica) - alle kwantitatieve verschillen bij elkaar maken het verschil tussen 2 mensen |
|
|
Wat weet je over SNPs? single-nucleotidepolymorphisms |
- variatie van een enkele basepaar in de DNA - wordt gezegd als minstens 1% uit de bevolking deze variatie heeft - humaan DNA: 3x10^9 basen daarvan variable: 3x10^6 |
|
|
Leg het principe van SNPs schematisch uit aan de hand van een voorbeeld |
voorbeeld VEGF: -G of A zit aan een bepaald plek van een promoter - activiteit 100 is nodig - promoter met G geeft 80 activiteit - promoter met A geeft 100 activiteit GG: 1 mutatie --> fenotype AA: 1 mutatie --> geen fenotype GA: mutA --> fenotype mutG --> geen fenotype samenvatting pagina 31/32 |
|
|
wat is incomplete penetrance? |
dit begrip beschrijft het fenomeen dat een bepaald mutatie in sommigen geen fenotype, in andere wel een fenotype veroorzaakt: op grond van SNPs |
