Use LEFT and RIGHT arrow keys to navigate between flashcards;
Use UP and DOWN arrow keys to flip the card;
H to show hint;
A reads text to speech;
87 Cards in this Set
- Front
- Back
|
Brojevi u bazama |
|
|
|
Nukleozid |
|
|
|
Nukleotid |
|
|
|
Tautomeri |
Strukturni izomeri s razlicitim polozajem atoma H |
|
|
C - T |
|
|
|
Sto se moze otkriti iz fotografije difrakcije X-zraka vlakna DNA |
|
|
|
Stabilnost dvostruke zavojnice |
|
|
|
Hiperkromni efekt |
|
|
|
Funkcionale skupine u utorima |
|
|
|
B-DNA brojevi |
Veliki utor - sirok i dubok Mali utor - uzak i dubok 36% zakretanje baza, ali nekad manje, vise - propelersko zakretanje |
|
|
Konformacija riboze |
|
|
|
Konformacija riboze u A i B DNA |
|
|
|
A DNA |
Vlaznost ispod 75 %. . Veliki utor: uzak, dubok Kraca i sira, parovi baza nisu okomiti na os uzvojnice, 19 posto.Veliki utor: uzak, dubokMali utor: plitak i sirokDvolancani dijelovi RNA, RNA-DNA hibridi Mali utor: plitak i sirok Dvolancani dijelovi RNA, RNA-DNA hibridi, kraci komplementarni oligonukleotidi. |
|
|
Biolosko znacenje A DNA |
Smanjena mogućnost nastajanja pirimidinskih dimera (uzastopni pirimidini to otezavaju), Stericki povoljno za dl RNA |
|
|
Z DNA |
Naizmjenicni purini i pirimidini, autokomplementarni oligonukleotidi Lijeva uzvojnica - fosfatne grupe okosnice cik cak - - > fosfati su blize, stabilizacija jakon ionskom jakosti ili metiliranjem nekih skupina u bazama Jedina DNA gdje su purini u syn, secer 3' endo Veliki utor: ravan Mali utor: uzak i dubok Ponavljajuca jedinica je oligonukleotid i okrenut za 180 stupnjeva |
|
|
Tablica A, B i Z |
|
|
|
H DNA |
|
|
|
G kvartet |
|
|
|
Deaminacije |
|
|
|
Depurinacije |
|
|
|
Kemijske tvari koje uzrokuju ostecenja DNA |
|
|
|
Alkilacija |
|
|
|
Oksidacijska ostecenja |
Vodikov peroksid, hidroksilni radikali, superoksidni radikali Oksidacija deoksiriboze, baza, cijepanje lanaca |
|
|
Interakcija proteina sa DNA |
|
|
|
C*G=C |
|
|
|
T*A=T |
|
|
|
G*G=C |
|
|
|
A*G=C |
|
|
|
A*A=T |
|
|
|
Tautomer G |
|
|
|
Tautomer T |
|
|
|
Tautomer A |
|
|
|
Tautomer C |
|
|
|
Koliko superzavoja ima DNA od 84 bp |
84/10.5 =8 |
|
|
Sto ako uklonimo jedan primarni zavoj |
Strukturna napetost jer isti broj bp stane u manji broj primarnih zavoja (84/7 =12) sto ne odgovara strukturi B-DNA koja je stabilna i termodinamski povoljna. Napetost se smanjuje stvaranjem superzavojnice, zavijanjem osi dvostruke zavojnice oko sebe, te ce napetost biti rasprsena u nezavijenom dijelu vece molekule DNA koja sadrzi navedeni odsjecak - - > podzavijena DNA, lakse odmatanje Moguce je i da DNA bude odmotana, ali to je manje povoljno jer baze nisu sparene. |
|
|
L |
Vezni broj. Broj okretanja jednog lanca oko drugog kada je os dvostruke uzvojnice smjestena u ravnini. Cijeli broj koji predstavlja broj puta koliko bi jedan lanac trebao proći kroz drugi lanac da se dva lanca potpuno odvoje jedan od drugog. Uvijek cijeli broj, ostaje isti bez obzira na to koliko je kruzna molekula savijena ili izoblicena sve dok su lanci kovalentno ocuvani. |
|
|
Negativno i pozitivno superzavijanje |
|
|
|
T |
Uvoj Stupanj uvijanja dvostruke zavojnice Broj okretaja jednog lanca oko osi zavojnice (broj primarnih zavoja) Desni primarni zavoji su pozitivni |
|
|
W |
Prijevoj. Stupanj superzavijanja. Broj okretaja osi dvostruke zavojnice oko osi superzavojnice. |
|
|
Topoizomeri |
Isti slijed nukleotida, razlicit L |
|
|
Odvijanje kruzne uzvojnice uz cijepanje kovalentnih veza |
|
|
|
Odvijanje kruzne uzvojnice bez cijepanja kovalentnih veza |
|
|
|
Vezna razlika |
Koliko se topolosko stanje molekule DNA razlikuje od relaksiranog stanja |
|
|
Promjena u veznom broju |
|
|
|
Gustoca superzavijanja |
|
|
|
Torzijska potencijalna energija |
|
|
|
Topoizomeraze |
|
|
|
Tipovi superzavijanja |
|
|
|
Biolosko znacenje superzavojnice |
|
|
|
Prelazak iz B u Z DNA i zasto se radi |
T se mijenja za - 2 jer pozitivni desni zavoji (+1) prelaze u negativne lijeve (-1). Time se oslobadja energija cime endergoni prijelaz iz B u Z postane povoljan. |
|
|
Sto je kromatin i od cega se sastoji? |
Kromatin je nukleoproteinski materijal kromosoma. DNA, histoni, nehistonski proteini |
|
|
Nukleosom |
200 pb DNA i histonski proteini Srz nukleosoma (7 histonskih proteina i 146 pb) + DNA poveznica 50 pb |
|
|
Sastav histona |
H2A, H2B, H3 i H4. Puno Lys i Arg - bazicni |
|
|
Dna u kromatinu |
|
|
|
Nacin vezanja histona na DNA |
|
|
|
Petlje kromatina |
|
|
|
SMC proteini |
|
|
|
Tipovi SMC proteina |
|
|
|
Reakcija polimerizacije DNA |
|
|
|
Struktura DNA poli |
|
|
|
Kataliticki dijelovi DNA poli |
|
|
|
Kako Dna poli prepoznaje ispravne parove baza |
|
|
|
Interakcije DNa poli s DNA |
|
|
|
Popravak prilikom replikacije |
|
|
|
Dijelovi DNA poli III |
|
|
|
Kako se nanosi beta hvataljka |
|
|
|
Primaza |
|
|
|
DNA ligaza |
|
|
|
Helikaza |
|
|
|
SSB proteini |
|
|
|
DNA giraza |
|
|
|
Inicijacija replikacije |
|
|
|
Terminacija replikacije |
|
|
|
Dekatenacija kromosoma |
|
|
|
Inicijacija replikacije kod eukariota |
|
|
|
Tipovi DNA polimeraza kod eukariota |
|
|
|
Usporedba komponenti bak i euk replikacije |
Eukariotska ima u istoj replikacijskoj raslji tri polimeraze: alfa, delta i eta. Nastaje hibridna RNA/DNA pocetnica. Helikaza je MCM2-7 (VODEĆI LANAC) = DNA giraza (TROMI LANAC) RPA = SSB PCNA = BETA HVATALJKA RFC = POSTAVLJAC HVATALJKE moraju se micati histoni - NAP1 I CAF1 pocetnicu uklanja sama polimeraza koja sintetizira sljedeci okazakijev fragment |
|
|
Replikacija krajeva kromosoma |
|
|
|
Zastita krajeva euk kromosoma |
|
|
|
Mismatch repair |
|
|
|
Popravak izrezivanjem nukleotida |
|
|
|
Popravak izrezivanjem baza |
|
|
|
Interakcije baza kod RNA |
|
|
|
Luznata hidroliza RNA |
|
|
|
Inozin i pseudouridin |
|
|
|
Reakcija polimerizacije RNA |
|
|
|
Dijelovi RNA polimeraze |
|
