Use LEFT and RIGHT arrow keys to navigate between flashcards;
Use UP and DOWN arrow keys to flip the card;
H to show hint;
A reads text to speech;
26 Cards in this Set
- Front
- Back
|
2011 - opgave 1 - DNA, RNA og proteinsyntese
a)
Hvad forstår man ved en promoter, og hvad er funktionen af denne i en prokaryot celle? |
En promoter er en relativ kort DNA sekvens, der findes upstream for og støder op til transkriptionsstartstedet.
Promoteren består bl.a. af "bokse" med typiske basesekvenser, som befinder sig i bestemte afstande fra transkriptionsstartstedet.
I prokaryote celler sørger promoteren for, vha. deres bokse, at RNA polymeraserne med deres sigma faktor (bakteriel initial transkriptionsfaktor), bliver bundet og orienteret på en sådan måde, at transkriptionen kan startes og udføres korrekt. |
|
|
2011 - opgave 1 - DNA, RNA og proteinsyntese
c)
I et ribosomkompleks, hvori der foregår proteinsyntese, findes et E-, P- og A-bindingssted. Redegør for hvad der bindes til disse tre forbindelser. |
E-site (exit site): Her bindes de "tomme" tRNA molekyler, dvs. tRNA molekyler uden peptid, inden de forlader ribosomkomplekset.
P-site (peptidyl site): Her bindes tRNA, som bærer den voksende peptidkæde.
A-site (acceptor site): Her bindes tRNA-aminosyre komplekser, hvis anticodons er komplementære til koder, som mRNA viser frem. |
|
|
2009 - opgave 4 - DNA og RNA
b)
Angiv for henholdsvis DNA-polymerase I og III hvilken type exonuclease aktivitet(er) de har. |
Både DNA-polymerase I og DNA-polymerase III har 3'-5' exonuclease-aktivitet.
DNA-polymerase I har herudover 5'-3' exonuclease-aktivitet. |
|
|
2009 - opgave 4 - DNA og RNA
c)
Forklar hvilken type exonuclease-aktivitet der medvirker til proofreading. |
3'-5' exonuclease-aktivitet giver polymeraserne proofreading egenskab. Hvis det sidste indbyggede nukleotid ikke baseparer korrekt fjernes den vha. denne aktivitet. |
|
|
Juni 2008 - opgave 4 - tRNA og den gentiske kode
a)
Skitser et tRNA molekyle, og angiv hvor en aminosyre kan bindes, og hvor anticodon befinder sig.
|
|
|
|
Juni 2008 - opgave 4 - tRNA og den gentiske kode
b)
Hvor mange mol ATP (ud fra ADP) koster det at binde 1 mol aminosyre til 1 mol tRNA? Svaret skal begrundes med en reaktionsligning.
Flere af de enzymer, der katalyserer påsætning af en aminosyre, har yderligere en funktion. Beskriv kort denne. |
Aminosyre + tRNA + ATP --> aminoacetyl-tRNA + AMP + PPi
(PPi --> 2Pi) AMP + ATP --> 2ADP
Det koster altså 2 mol ATP at binde 1 mol aminosyre til tRNA.
Flere af de enzymer, der katalyserer påstningen af en aminosyre, har yderligere en kontrolmekanisme (proofreading), der sikrer, at aminosyren og tRNA bliver parret rigtigt. |
|
|
Juni 2008 - opgave 4 - tRNA og den gentiske kode
c)
Angiv en vigtig fordel ved, at den genetiske kode er degenereret. |
At den genetiske kode er degenereret betyder, at der er mere end én codon, der koder for de fleste aminosyrer.
Fordelen ved dette er, at visse mutationer bliver neutraliseret, idet den muterede basesekvens koder for den samme aminosyre, som den oprindelige sekvens gjorde. |
|
|
Juni 2008 - opgave 4 - tRNA og den gentiske kode
d)
Beskriv "wobble" mekanismen, gerne vha. af en skitse. Angiv en vigtig fordel ved at have "wobble" mekanismen. |
"Wobble" - mekanismen bevirker, at visse baser i anticodons 1 position kan parres med mere end 1 codon i mRNA
Dette betyder, at en proteinsyntetiserende celle kan klare sig med færre typer tRNA-molekyler. |
|
|
Jan 2008 - opgave 4 - mRNA og proteinsyntese i en eukaryot celle
a)
I en eukaryot celles cellekerne transkriberes forstadier til mRNA. Mange af disse forstadier bliver ikke funktionsdygtige mRNA-molekyler men bliver nedbrudt i cellekernen. Giv 2 forklaringer på dette forhold. |
RNA-polymerasen har ingen " proof-reading" system, hvorfor der kan transkriberes forstadier til mRNA med fejl. Disse nedbrydes.
mRNA -forstadier kan nedbrydes som led i en regulation. |
|
|
Jan 2008 - opgave 4 - mRNA og proteinsyntese i en eukaryot celle
c)
Beskriv kort initieringen af translationsprocessen ved ribosomerne i en eukaryot celles cytoplasma. |
Methionyl-tRNA med methionin, lille ribosomdel, initieringsfaktorere, cap-proteiner og GTP samles til et kompleks ved mRNA's hætte ("cap"). tRNA'et sidder i det delvise P-site.
Komplekset bevæger sig (minus cap proteinerne) sig hen langs mRNA indtil startkoden (AUG) befinder sig ud for tRNA'et
Den store ribosomdel associerer sig til komplekset, og initieringsfaktorerne, GDP samt Pi frisættes. |
|
|
Jan 2008 - opgave 4 - mRNA og proteinsyntese i en eukaryot celle
d)
Den første aminosyre i et nysyntetiseret polypeptid er methionin. Alligevel er det forholdsvis sjældent, at et nativt protein har methionin som den første (N-terminale) aminosyre. Hvad er forklaringen på denne forskel? |
Den N-terminale ende af et nysyntetiseret polypeptid er ofte et signal peptid eller en anden form for pre-del. Dette peptid, og dermed den N-terminale methionin, borthydrolyseres under proteinets transport til sit bestemmelsessted eller når det har nået det. |
|
|
Juni 2007 - opgave 4 - DNA og RNA
a)
Hvad er substraterne for DNA-polymeraserne? Hvordan kan DNA-polymeraserne finde ud af, hvilket mononucleotid de skal bruge til de forskellige syntesetrin? Hvorfra kommer energien til de synteser, DNA-polymeraserne katalyserer? |
Substraterne er dATP, dCTP, dGTP og dTTP samt det stykke DNA (evt. primer'en), der er dannet.
DNA-polymeraserne skal vælge frifosfatforbindelser med den base der er komplementære til templatens base.
Energien skaffes på to forskellige måder. Dels fås der energi ved at hydrolysere pyrofosfat (PPi) fra fri-fosfatforbindelserne og ved at hydrolysere det dannede pyrofosfat til to ioner uorganisk fosfat (Pi).
Dels fås der energi ved etableringen af brintbindingerne mellem baserne i den gamle og den ny-syntetiserede DNA-streng. |
|
|
Juni 2007 - opgave 4 - DNA og RNA
b)
Både DNA-polymerase I og III har en 3' --> 5' exonuclease aktivitet. Hvad forstår man ved dette begreb, og hvad bruger DNA-polymeraserne denne aktivitet til? |
Ved 3'->5' exonuclease aktivitet forstås, at DNA-polymeraserne er i stand til at fraspalte (hydrolysere) terminale nucleotider i nysyntetiseret DNA i 3'->5' retningen (altså modsat synteseretningen).
Aktiviteten bruges til at fjerne nucleotider i den nysyntetiserede DNA-streng, som er forkerte - det vil sige indeholder baser som ikke er komplementære til baserne i den gamle DNA-streng. Aktiviteten kaldes "proofreading"/korrekturlæsning. |
|
|
Juni 2007 - opgave 4 - DNA og RNA
c)
Prokaryote cellers mRNA er ofte polycistroniske. Hvad forstår man ved dette begreb, og hvad er fordelen ved denne tilstand? |
Polycistroni betyder, at ét mRNA-molekyle koder for syntesen af flere proteiner. Fordelen ved en sådan tilstand er, at man får en koordineret syntese af proteiner, der fungerer som en funktionel enhed. Det kan f.eks. være enzymer i samme metabolske reaktionsvej. |
|
|
Jan 2006 - opgave 4 - Proteinsyntese: "Protein targeting"
a)
Visse ribosomer, som er i færd med at syntetisere et nyt protein, bliver bundet til det endoplasmatiske reticulum, som så bliver til granulært (="rough") endoplasmatisk reticulum. Forklar kort, hvorledes denne binding/association opnås. |
Polypeptidkæder/proteiner som har en signalpeptid - sekvens i deres N-terminale ende.
Denne sekevens genkendes af en "signal-recognition" partikel.
Partiklen binder sig til sekvensen og trækker hele det aktive ribosom hen til ER fordi "signal-recognition" partiklen binder sig til en receptor på ER. |
|
|
Jan 2006 - opgave 4 - Proteinsyntese: "Protein targeting"
b)
De proteiner, der kommer ind i ER's lumen, skal sendes videre til Golgi. De fleste sendes igen videre fra Golgi til deres endelige bestemmelsessted. Hvorledes foregår disse transporter? |
Transporten foregår som vesikeltransport. |
|
|
Jan 2006 - opgave 4 - Proteinsyntese: "Protein targeting"
c)
Nævn 3 forskellige destinationer for de proteinder, der bliver transporteret videre fra Golgi-apparatet. |
Transporten kan være til lysosomer, ER eller cellemembranen. |
|
|
Jan 2006 - opgave 4 - Proteinsyntese: "Protein targeting"
d)
Proteiner, der bliver transporteret videre fra Golgiapparatet, skal mærkes på en eller anden måde. Giv ét eksempel på et sådant signal. Hvor bliver proteiner med det valgte signal sendt hen? |
Glyproteiner som får påsat en mannose-6-fosfat bliver transporteret til lysosomerne.
Proteiner som skal retuneres til ER har et eller andet sted i sig en bestemt kort aminosyresekvens som adressemærket (en sekvens på frie aminosyrer). |
|
|
Juni 2005 - opgave 5 - Proteinsyntese
b)
Hvor i cellen syntetiseres mitochondrieproteiner? |
Mitochondrieproteiner syntetiseres inde i mitochondrierne og, især, ved ribosomer i cytoplsma. |
|
|
Juni 2005 - opgave 5 - Proteinsyntese
c)
Hvor i cellen syntetiseres membranproteiner? Hvorledes bliver de transporteret til cellemembranen og bliver en del af denne? |
Membranproteiner syntetiseres i RER. De transporteres til cellemembranen i form af vesikler. Exocytose sætter dem (og membranlipider) ind i cellemembranen. |
|
|
Juni 2005 - opgave 5 - Proteinsyntese
d)
Ofte skal et nysyntetiseret protein modificeres, før det bliver fuldt funktionsdygtigt. Nævn 5 forskellige eksempler på sådanne modifikationer. |
Fosforylering, hydroxylering, carboxylering, hydrolyse, dannelse af disulfidbro, binding af lipid, kulhydrat eller prostetisk gruppe. |
|
|
Jan 2005 - opgave 5 - Syntese af DNA og RNA
b)
DNA-polymeraserne (I og III) har en meget lavere fejlrate end RNA-polymeraserne. Hvad er forklaringen på denne forskel? |
DNA-polymeraserne (I og III) har i modsætning til RNA-polymeraserne, et proof-reading system (kan læse korrektur), fordi de har 3'->5' exonucleaseaktivitet. |
|
|
Jan 2005 - opgave 5 - syntese af DNA og RNA
c)
Hvad er en transkriptionsfaktor kemisk set? Nævn 2 forskellige hormoner, som kan aktivere en transkriptionsfaktor, og beskriv kort en aktiveret transkriptionsfaktors funktion. |
En transkriptionsfaktor er et protein.
Mange hormoner kan aktivere en transkriptionsfaktor, for eksempel insulin, adrenalin og glucagon.
En aktiveret transkriptionsfaktor binder sig til enten et "enhancer element" eller et "upstream control element" og aktiverer derved transkriptionen af det associerede gen. Dette gøres ved at bundne transkriptionsfaktorer binder " coactivator", som sørger for at det basale "initiation machinery" og RNA-polymerasen bliver placeret korrekt på henholdsvis promoter og startstedet.
Transkriptionsfaktor findes også i det basale "initiation machinery". |
|
|
Juni 2004 - opgave 5 - DNA, RNA og proteinsyntese
a)
Hvad er en primer, og hvad er dens funktion? |
En primer er et lille stykke DNA, der syntetiseres i forbindelse med replikation af DNA.
For at DNA-polymeraserne skal kunne katalysere sammensætningen af to frie nucleotider, under syntese af nyt DNA, skal de have et lille stykke nucleotid at arbejde ud fra, og primers funktion er at virke som et sådant startstykke for DNA-polymerase III. |
|
|
Juni 2004 - opgave 5 - DNA, RNA og proteinsyntese
b)
Skitsér, hvor på tRNA en aminosyre bindes, og angiv de energetiske forhold for denne binding. |
Se billede: juni 2008
tRNA+aminosyre+ATP --> aminoacyl-tRNA+AMP+ PPi |
|
|
Juni 2004 - opgave 5 - DNA, RNA og proteinsyntese
c)
Hvad er et signalpeptid, og hvad er dets funktion? |
Et signalpeptid er et ekstra stykke polypeptid, som visse nysyntetiserede proteiner har i den N-terminale ende.
Signalpeptidet sørger for, sammen med "signal recognition particle", at det protein, der er under syntese, bliver ført hen til RER.
Proteinet ender enten inde i RER's lumen eller i RER's membran (membranproteiner) |
