1. Centrala Dogmat - Dna, Replikation

Front 1

Histoner

Back 1

Histoner är små positivt laddade proteiner som dna cirar sig runt och bildar nuklosomer. Finns H1, H2a,H2b, H3 och H4. Alla förutom H1(linker histone) är core histones. 2 av varje core histones bildar tillsammans en oktamerstruktur (8st) Dna virar sig två varv runt varje oktamer

Front 2

Puriner och deras struktur, vilka finns

Back 2

Puriner är två kväveinnehållande organiska ringstrukturer. En sammanlänkad 5- och 6-kols ring. t.ex adenin och guanin

Front 3

Tyst mutation?

Back 3

Om t.ex en mutation sker i en del av da som inte ger upphov till ett protein, t.ex i en intron. Eller om mutationen ändå ger upphov till rätt (aminosyra) så det blir rätt protein protein så kallas det tyst mutation

Front 4

Linker DNA, hur lång kan den vara?

Back 4

Är mellanrummet mellan nukleosomerna (dna uppvirat på histoner) dnat som sammanlänkar histonerna kallas linker dna. Kan variera i längd från 10 till 10 000 baspar

Front 5

Telomerer

Back 5

Är de fria ändarna på en linjeär kromosom (mänskligt genom) TTAGGG. T-loop

Front 6

Hur hålls G-C ihop

Back 6

Med tre vätebindingar

Front 7

Elongering på lagging strand

Back 7

Helikas snurrar upp dna-helixen. Varje okazakifragment behöver sin egen primer som tillverkas av enzymet primas (pol alfa hos eu.) som rör sig i 5'-3' riktning och gör då och då en kort rna-primer. Då ansluter dna polymeras 3(prokaryot) Delta (eukaryot) till primern och bygger nytt dna. Sen byts primern ut mot dna och slutligen sammanfogar de olika fragmenten av dna-ligas

Front 8

Elongering på leading strand

Back 8

Helikas snurrar hela tiden upp strängarna och under elongeringen ansluter olika nukleotider till dna-polymeraset. dna polymeras 3(prokaryot) eller poly-Epsilon (eukaryot) avgör om det är en
nukleotid som passar med mallen eller inte och när den hittat någon som passar elongeras dna strängen.

Front 9

Vad gör dna polymeras 3?

Back 9

Prokaryot. Syntetiserar den nya dna-strängen, adderar baser till den växande polynukleotidkedjan i 5'-3' riktning. Sker kontinuerligt på leading strand och i okazaki fragment på lagging strand (har olika subenheter)

Front 10

Helikas

Back 10

Är ett enzym som arbetar hela tiden i replikationsgaffeln för att snurra upp dna-helixen. Får energi för detta från hydrolys av ATP

Front 11

Vad händer kemiskt när DNA syntetiseras av deoxyribonukleotider?

Back 11

Två fosfatgrupper kommer spjälkas bort från den deoxyribonukllelotid som ska hakas fast på dna-kedjan. Den återstående fosfaten binder till OH-gruppen på 3' kolet på den sista sockergruppen i DNA-kedjan. Energi frigörs i.o.m att fosfaterna spjälkas av

Front 12

I vilken riktning syntetiseras en ny DNA molekyl?

Back 12

från 5' till 3'

Front 13

Vad krävs för att dna polymeras ska kunna syntetisera nytt dna?

Back 13

x En mall som bestämmer vilka nukleotider som ska sättas ihop i vilken ordning (ett templentat)
x Sen behövs en primer som är en bit nysyntetiserat RNA eller DNA (ofta rna tillverkat av proteinkomplexet primas eller DnaG)
'
*

Front 14

DNA polymeras 1

Back 14

Byter ut alla primers på lagging strand mot DNA, syntes, repair, proofreading hos prokaryot

Front 15

Kortfattat hur replikationen av dna sker?

Back 15

Väteb. mellan de två strängarna bryts mellan kvävebaserna. sker m.h.a ett enzym. I cellkärnan finns fria nukleotider så nu binder kvävebaserna i varje sträng till nukleotiderna och dna polymeras kopplar ihop dem.

Front 16

Topoisomeras 1 och 2

Back 16

De förhindrar spänningar i dna-helixen och motverkar att dnat trasslar ihop sig p.g.a helikas. De binder till dna i närheten av helikas och klyver aningen en fosfodiesterbinding i ena strängen (1) eller båda strängarna (2) och kan sedan fästa dom igen när supercoilingen snurrat ur

Front 17

Tautomeri

Back 17

Kvävebasen adenin kan hoppa mellan två tautomera former, dvs att enn dubbelb. kan byta plats på kvävebasen. i den här formen kommer adenin baspara med cytosin istället för till tymin

Front 18

proof reading

Back 18

dna polymeras förmåga att dubbelkolla förgående nukleotid att den verkligen passar innan den sätter dit nästa

Front 19

Telomeras, vart sker detta

Back 19

På lagging strand sker ju bildningen av den nya strängen bakifrån och då finns inget ställe för primas att fästa primern på. Då finns enzymet telomeras som gör en nya bit dna m. rna som mall (omvänt) Den tillsätter alltså nya ändar (telomerer) på dnat som inte kodar för något. Detta sker bara på lagging strand och på könsceller som måste kunna föröka sig hur många ggr som helst

Front 20

Mismatch repair

Back 20

Om en felaktig deoxyribonukleotid tillfogats så kommer den inte baspara lika bra som om det vore rätt. Då kommer enzymer klippa bort felen *

Front 21

Vad händer vid för korta telomere?r

Back 21

Telomererna förkortas vid varje celldelning och när det blivit för korta så att man inte längre kan replikera ett helt dna sker apoptos (programmerad celldöd) detta tror man leder till cancer och allmänt åldrande

Front 22

Vad gör dna-ligas kemist?

Back 22

Limmar ihop okazakifragmenten genom att katalysera bildningen av en fosfodieseterbinding mellan de olika fragmenten

Front 23

Supercoiling

Hur motverkar man detta?

Back 23

Ju längre separationen av dna strängarna har gått desto mer tvinnat blir dnat --> supercoiling.

Till slut kan inte helikas snurra upp mer och då klipper topoisomeraserna kedjorna så att de kan snurra ut och fäster dom igen

Front 24

Clamp. PCNA. Prokaryot och eukaryot

Back 24

PCNA. För att dna-poly inte ska lossna från dna. Clampen sätts dit av en clamp loader (RFC) undre hydrolys av atp.

Prokaryota har också en clamp och clamploader men det sköter pol 3 själv med sina subenheter

Front 25

Helikas

Back 25

Är ett enzym som binder till origin på dna och snurrar upp kedjorna genom att spjälka väteb med atp som energi

Front 26

ORC

Back 26

Eukaryot. Origin recognition complex. Är ett proteinkomplex som binder in till dnas origin. Har en viktig funktion vad gäller regleringen men bidrar också med energi till helikas

Front 27

origin, vilka binder dit och vad består ofta origins av

Back 27

stratpunkten på dna för replikation. hit binder orc. origin består främst av a och t eftersom de är med sina två väteb. lättare att separera på

Front 28

Replikations starten

Back 28

På dna finns origins som är stratpunkten för replikationen. dit kommer orcs, och proteiner i orcs delar på dna så att rna poly (primas) ska kunna binda in. Helikas binder också dit och snurrar upp kedjorna. Primas gör en primer som dna-poly 3 (hos prokaryot) poly-epsilon (eukrayot leading strand) och poly delta (eukaryot lagging strand) kan binda in till och katalysera polymiseringen där nukleotider binds till templentatet i riktning 5'-3'

Front 29

A-T binding?
G-C binding?

Back 29

A-T två väteb.
G-C tre väteb.

Front 30

DNA molekylens storlek och avstånd

Back 30

Har en diameter på 20 å (2nm) mellan två baspar är det 3,4 å. Det går 10 baspar dvs. 34å på ett varv

Front 31

Telomerernas baser? Varför finns telomerer?

Back 31

TTAGGG. Som repeteras flera tusen ggr. För att cellen ska känna igen ändarna och inte tro att det är ett brott och försöka koppla ihop dem m. andra kromosomer. Vid varje celldelning finns dem för att ändarna förkortas och på så sätt förkortas telomernerna istället för vårt dna, finns bara telomerer för ett antal celldelningar per cell innan dnat börjar förkortas --> apoptos

Front 32

Vad sker vid denaturering av dna? Vad får dna att denaturera?

Back 32

Väteb. mellan kvävebaserna bryts och strängarna separeras vid fel temp eller pH. Sedan om pH eller temp återställs så kan dom återbildas, dvs reaktionen är reversibel

Front 33

replikationens tre stadier

Back 33

initiering, elongering och terminering

Front 34

Vad är som som utgör dna/rna kedjans ryggrad?

Back 34

Sockerresterna tillsammans med fosfatgrupperna *

Front 35

Vad har dna för funktion?

Back 35

Att fungera som mall (templentat) för proteiners transkription.

Att kunna replikera sig själv till två dotterceller.

Dessa två tillsammans är den molekylärgentiska dogmen

Front 36

Vilka dna former finns det?

Back 36

B-dna: finns i cellen, högervriden och snurrar ett varv på 10,5 baspar.
A-dna: också högervriden
Z-dna: vänstervriden
Ringformad dna: hos bakterier.
enkelträngat dna: hos en del virus

Front 37

Dnas 4 nukleotider

Back 37

dATP, dTTP, dCTP, och dGTP

Front 38

Pyrimiderna består av? ex på pyrimider?

Back 38

En kväveinnehållande organisk 6-kolsringstruktur. t.ex tymin, cytosin och uracil

Front 39

Vad består en nukleotid av?

Back 39

En kvävebas (A,T,G,C och U)
En sockerrest (pentos: ribos el. deoxyribos)
Minst en fosfatgrupp

Front 40

Dna-poly 1
Dna-poly 2
Dna-poly 3

Back 40

1: Ersätter primers mot DNA, har polymerasaktivitet och proofreading
2: repair av skadat dna
3: Huvudenzymet. Väljer ut vilka fria nukleotider som passar templentatet och sätter fast dem, proofreading

Front 41

alfa poly

Back 41

gör primers, aktiv främst vid lagging-strand replikation där den göra korta RNA och/eller DNA primers

Front 42

Beta poly

Back 42

reparerande enzym. (mismatch rapair?)

Front 43

Gamma poly

Back 43

utför DNA-replikation i mitokondrier

Front 44

Delta poly

Back 44

huvudsakliga polymeraset i eukaryoter, interagerar med PCNA (proteinet som hjälper Pol delta att fästa vid DNA-strängen). Gör laggingstrand.

Front 45

Epsilon poly

Back 45

gör leadingstrand.

Front 46

Prokaryot pol 1

Back 46

Syntes, repair, proofreading, tar bort primern

Front 47

prokaryot pol 2

Back 47

Repair

Front 48

Prokaryot pol 3

Back 48

Huvudsakliga enzymet. alpha: polymeras aktivitet. Beta: clamper. y: clamp loader, lagging strand

Front 49

prokaryot pol 4 och 5

Back 49

Repair vid ovanliga fall

Front 50

Pol Alpha

Back 50

Polymiserarande gör primern i eukaryot, de 20 första nukleotiderna och byter ut primern

Front 51

pol beta

Back 51

Repair

Front 52

pol delta

Back 52

Polymeriserande, lagging strand

Front 53

Pol gamma

Back 53

polymeriserar mitokondriens dna-syntes

Front 54

Pol epsilon

Back 54

Polymeriserande, leading strand

Front 55

Vilka faktorer krävs för eukaryot replikation, 13 st

Back 55

Primas, SSB, dna ligas, topoisomeraser helikas, PCNA (clamp), FRC (clamploader) Cykling CDKs, Rnase H1, FEN-1, ORC, RAP, RFL

Front 56

Vilka faktorer krävs för prokaryot replikation, 6 st

Back 56

Polymeraser 6st, Primas, SSB, DNA-ligas, DNA-gyras( topisomeraser), helikas

Front 57

Mitokondriens struktur

Back 57

Omges av 2 membraner, yttermembranet har kanaler bildade av proteiner poring och släpper igenom molekyler mindre än 5kDa. Innermembranet är veckat och varje veck kallas cristae, innermembranet är genomsläppligt för de flesta molekyler framförallt joner, innehåller ATP-syntes

Front 58

Mitokondriens innermembran struktur och funktion

Back 58

Är veckat, varje veck heter cristae. Kardiolipin. Är i princip ogenomsläppligt för de flesta molekyler passagen sker nästa uteslutande via membranproteiner. Innermembranet har ATP-syntes (djupare cristae-->mer ATP-syntas) Det är proteiner i elektronsportkedjan och olika transportproteiner som transporterar molekyler ut och in ur mitokondrien.

Front 59

Mitokondriens matrixs innehåll, 2st

Back 59

x Där finns ezymer ingående i citronsyracykeln och b-oxidationen.
x Mitokondriens inre har också dna, ribosomer och andra proteiner som behövs för att transkribera och translatera mitokondriegenomet.

Front 60

Mitokondriens yttermembrans struktur

Back 60

Yttermembraner har kanaler bildade av proteiner porin med en genomsläpplighet v molekyler mindre än 5 kDa

Front 61

Eukaryota polymerasers funktion:
Alfa:
beta:
Delta:
gamma:
Epsilon:

Back 61

Alfa: Polymeriserande, gör primern de 20 första nukleotiderna (och byter ut primern?)
Beta: Repair
Delta: polymeriserande på laggings
Gamma: Mitokondriens DNA-syntes.
Epsilon: Polymeriserande, leading strains

Front 62

Prokaryota polymeraser funktion:
I, II, III, IV och V

Back 62

I: Syntes, repair, proofreading, tar bort primern
II: Repair
III: Det huvudsakliga enzymet
IV: Repair vid ovanlia fall
V: repair vid ovanliga fall

Front 63

RFC

Back 63

Clamp loader

Front 64

H1

Back 64

Linker histone. Drar ihop nukleosomen, som en spärr på ett nystan

Front 65

heterochromatin och euchromatin

Back 65

hetero: dekondenserat, dvs löst packat
Eu: kondenserat, packat

Front 66

Holoenzym

Back 66

Enzymer som behöver en kofaktor kallas när den inte har bundit någon sådan för apoenzymer eller apoproteiner. Ett apoenzym tillsammans med dess kofaktor(er) kallas holoenzym (den aktiva formen)

Front 67

Kofaktorer

Back 67

Kofaktorer kan antingen vara oorganiska (exempelvis metalljoner och järn-svavel-kluster) eller organiska (exempelvis flavin och hem). Organiska kofaktorer kan antingen vara prostetiska grupper, vilka binder hårt till enzymet, eller koenzymer, vilka frisläpps från enzymets aktiva säte under den kemiska reaktionens gång.

Front 68

Hur binder Helikas till dnat m

Back 68

Helikas aktiveras av energin från origin-orc-komplexet och fäster till dnat.

Front 69

Hur bildas replikationsgaffeln?

Back 69

Orc (origin recognition complex) binder till origin, orc bidrar med energi till helikas som också binder in och öppnar upp kedjan. SSB binder upp kedjan.

Front 70

Vart fästes nya nukleotider vid replikation av dna och varför?

Back 70

Nukleotiderna fästes på det 3e kolets hydroxylgrupp, man kan bara fästa där eftersom det är dennes hydroxylgrupp som gör en nukleofil attack på dNTP

Front 71

Vad är det för bindning mellan nukleotiderna i dna?

Back 71

mellan fosfat och sockret är det en fosfodiesterbindning som binder kovalent. Mellan baserna är det vätebindningar (3 mellan guanin och cytosin, 2 mellan adenin och tymin)

Front 72

Clamp

Back 72

Får polymeraset att fästa till polymeraset, sätts dit av en clamploader under hydrolys av ATP.

Front 73

T-loop, varför finns dom

Back 73

Bildas av telomererna, om inte telomererna fanns och bildade den här t-loopen skulle reparationsenzymer tro att strängen är ett brott i DNA-sekvensen.

Front 74

Hur kan replikationen ske med så få misstag i form av mutationer? 3s

Back 74

1. dna-polymeraset väljer nuklotid med en viss nogrannhet
2. Proofreading, dubbelkollar innan nästa nuklotid sätts dit att föregående var korrekt
3.miss-match repair, ett komplex läser av dna-kedjan och reparerar de ställen som basparat fel, klipper ort felet

Front 75

hur utför polymeraset proof-reading och återgärdar ev. fel?

Back 75

Den dubbelkollar om något är fel, ifall det är det så avlägsnar den nukleotiden genom att backa ett sget och använda sin katalytiska site som tar bort den, i prok.

Front 76

Kromosal translokation

Back 76

Är en mutation som sker när genfrekvenser av två olika kromosompar byter plats, kan ge upphov till downs syndrom t.ex

Front 77

Omvänt transcriptas

Back 77

Är när enzym syntetiserar dna från en rna-mall. t.ex telomeras. retrovirus använder sig av detta, t.ex hiv som syntetiserar nytt egna dna bitar

Front 78

Junk DNA

Back 78

det som man förut trodde bara var skräp DNA men har visat sig ha olika regulatoriska funktioner och är viktigt för ihoppackning av dna

Front 79

vad är prostetiska grupper?

Back 79

En prostetisk grupp är en kofaktor som är mer eller mindre permanent bunden till ett enzym eller annat protein. är hårdare bundna än koenzymer – de kan till och med vara bundna med en kovalent bindning. En prostetisk grupp kan vara organisk (till exempel vitaminer, sockerarter eller lipider) eller oorganisk (till exempel en metalljon).
I de proteiner som har prostetiska grupper är de ofta nödvändiga för att proteiner ska fungera. enzymer kan ha prostetiska grupper i sitt aktiva centrum.